20 июля 1941 года был принят Указ Президиума Верховного Совета СССР об объединении Народного комиссариата государственной безопасности СССР и Народного комиссариата внутренних дел СССР в единый Народный комиссариат внутренних дел СССР.
Обязанности милиции значительно расширились. Государственная автомобильная инспекция все усилия направила на мобилизацию автомобильного транспорта, тракторов, мотоциклов для нужд Красной Армии. Уже к 1 октября 1941 года в Красную Армию направлено 40% от числа автомобилей народного хозяйства.
В годы Великой Отечественной войны штат ГАИ был сильно сокращен, большинство ее сотрудников ушли на фронт. Основной же задачей оставшегося персонала стало переоборудование гражданских автомобилей для военных нужд и контроль над военным автотранспортом.
После 9 мая 1945 года численность сотрудников автоинспекции вновь стала расти и на этот раз перед ГАИ была поставлена обратная задача - разработка рекомендаций по возвращению автотранспорта из военного парка в народное хозяйство, а также надзор за восстановлением старых и строительством новых дорог.
Из больших изменений, которые отразились на дорожно-транспортном комплексе послевоенного восстановительного периода, можно отметить ввод в действие с 1 ноября 1945 года государственного общесоюзного стандарта - сигнальных дорожных знаков. Особенность этого государственного стандарта прежде всего в том, что он распространялся на территорию всей страны.
Началось время совершенствования структуры ГАИ, укрепления ее кадрами и внедрения в практику новых научных достижений.